1996.06.17
    제1차 목사양성과정을 신학교육정책위원회에서 56명을 모집하여 실시하다
    1996.08.23
    총회 신학교육정책위원회에서 목신원 운영규정을 확정하다.
    1996.08.30
    목회신학연구원장에 박봉상목사, 학감에 이창규목사를 임명하다.
    1996.11.19
    서울신학원(야간신학교) 학생모집을 허락하다.
    1997.02.19
    제1회 목회신학연구원 졸업식(목사양성과정 18명, 서울신학원 53명)을 하다.
    1997.08.19
    미국 월드미션대학과 상호협력합의서 시행세칙 채택하다.
    1997.09.04
    제91년차 총회에서 목회신학연구원 운영규정을 승인하다.
    1997.11.04
    목회신학연구원 운영위원회(위원장 장자천목사, 서기 박영남장로)를 조직하다.
    1998.02.17
    초대 원장에 박봉상 목사, 학감 송철웅 목사를 사무 김도규 장로를 선임하다
    2001.04.23
    제2대 원장으로 백천기 목사를 선임하다.
    2003.04.10
    학기제를 과목이수제롤 변경하도록 신학교육정책위원회의 허락을 받다.
    2003.06.02
    운영위원장에 김동규 목사를 선임하고 원장대행을 하게 하다.
    2003.06.19
    제3대 원장에 류재하 목사를 공채로 선임하다.
    2005.06.03
    제4대 원장에 변무영 목사를 선임하다.
    2005.09.12
    운영위원장에 조남국 목사를 선임하다.
    2005.12.27
    제5대 원장에 주남석 목사를 선임하다.
    2006.07.29
    제6대 원장에 윤성원 목사, 교무 백홍규 목사, 서무 박영근 장로를 선임하다.
    2009.04.30
    제7대 원장에 조관행 목사, 교무 백홍규 목사, 서무 박영근 장로를 선임하다.
    2010.04.16
    원감에 백홍규 목사를 선임하다.
    2011.06.11
    운영위원장에 박성준 목사를 선임하다.
    2012.07.11
    운영위원장에 한승배 목사, 서기에 이종섭 장로를 선출하다.
    2012.12.29
    원장에 조관행 목사를 재선임하다.
    2013.02.18
    제17회 졸업식(교단인정학위 수여식)을 시행하다(총 865명 졸업)
    2013.04.25
    목회신학연구원 학제를 3년 6학기제로 변경하다.
    2013.05.01
    원감에 박문수 목사, 서무과장에 최영걸 목사를 선임하다
    2015.07.21
    원장에 송창원 목사를 선임하다.
    2016.03.01
    원감에 오성욱 목사를 선임하다.
    2016.07.14
    운영위원장에 김영민 목사를 선임하고, 서기에 이종섭 장로를 선임하다.
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